사업체를 그대로 인수하려는 나세금씨는 총 11억에 매입하기로 결정했다.
11억 중 부가가치세 1억은 환급받을 수 있다고 들어 10억만 준비했는데, 11억을 먼저 지급 해야하고 몇달 뒤에나 부가가치세 1억을 환급받을 수 있다는 사실을 듣고 당황했다.
나세금씨가 1억원이라는 자금의 유동성을 확보할수 있는 방법은 없을까?

사업을 그대로 인수하는 경우 부가가치세를 내야할까
원칙적으로 사업을 인수하는 경우 기존에 사용하던 장비나 비품들도 함께 양도하게 되므로 이에 대해 부가가치세가 과세된다.
양수자 입장에서는 사업양수시 해당 사업장의 장비나 비품을 양도한 것에 대해서 양도대금의 10% 부가가치세를 포함하여 대가를 지급하고, 양도자는 폐업후 부가가치세 신고시 해당 금액을 납부하며 양수자는 부가가치세를 신고할 때 납부한 금액만큼 공제받게 된다.
위 방법은 일반적인 절차이나 이 방법에 의하면 양수자는 자금운용에 문제가 발생하게 된다.
가령, 나대금(양수자, 법인대표자)씨는 사업체를 10억에 인수하기로 계약하며 2025년 1월 2일 매입대금 10억에 부가가치세 1억, 총 11억을 양도자에게 지급하였다고 가정해보자. 추후 2025년 4월 25일 부가가치세 신고를 하며 미리 납부한 부가가치세 1억을 공제하여 부가가치세를 납부하게된다. 즉, 나대금씨는 1억에 대해 1월달에 지급한 후 4월에서나 환급의 효과를 받았으므로 1월부터 4월까지는 자금 운용의 문제가 발생한다.
이런 자금 운용의 문제를 해결할 수 있는 방법은 없을까.
세법에서는 사업을 인수하는 사람의 불필요한 자금부담을 덜어주기 위하여 일정한 요건에 충족하는 경우 '사업의 포괄 양수도'로 보아 부가가치세가 과세하지 않는다.
이와 관련된 자세한 내용은 다음과 같다.
부가가치세가 과세되지않는 '사업의 포괄양수도' 란?
사업의 포괄양수도란 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것을 말한다.
즉 사업시설과 거래처, 기존 근로관계 등 까지 그대로 유지하면서 대표자만 변경되는 형태의 양도방식이라고 이해하면 된다.
이러한 사업의 포괄양수도는 일정한 요건에 충족해야만 부가가치세가 부과되지 않는데 일정한 요건은 아래와 같다.

부가가치세가 과세되지 않는 사업의 포괄양수도 요건
아래 3가지 요건을 모두 충족해야 부가가치세 과세되지 않는다.
■ 요건 ① - 사업장별 이전
사업의 포괄양수도가 되기 위해선 사업장별로 이전해야 한다.
하나의 사업장에서 두가지 이상의 사업을 하는 사업자가 어느 한 부분만을 양도하는 것은 사업의 포괄양수도로 보지 않는다.
예를 들어, 한 사업장에서 음식점업과 제조업을 함께 하고 있는데 음식점만 양도하면 부가가치세가 과세된다.
■ 요건 ② - 자산과 부채의 포괄적 승계
사업에 직접 관련된 모든 자산과 부채를 함께 이전해야 한다.
다만, 다음에 해당하는 자산과 부채는 이전하지 않아도 사업의 포괄양도로 본다.
① 미수금 및 미지급금에 관한 것
②당해 사업과 직접 관련이 없는 토지·건물 등에 관한 것
■ 요건 ③ - 사업의 동일성 유지
사업의 양도 시점에 양도자와 양수자의 업종이 동일하게 유지되어야 한다.
다만, 양수자가 양도받은 사업을 유지하면서 새로운 사업을 추가하는 것은 가능하다.
이러한 사업의 동일성 유지와 관련하여 주의해야 할 점은 사업 양도인과 양수인에 제한이 있다는 것인데, 자세한 내용은 아래와 같다.
사업의 포괄양수도시 사업자 제한
일반 사업자와 간이 사업자 간 포괄양수는 인정된다. 다만, 간이 사업자가 일반 사업자의 사업을 인수할 경우에는 일반으로 전환된다.
면세 사업자는 일반(간이) 사업자의 사업을 인수할 수 없다.
양도자 | 양수자 | 포괄 인정 |
일반사업자 | 일반사업자 | O |
일반사업자 | 간이사업자 | O (일반으로 전환됨) |
간이사업자 | 일반사업자 | O |
간이사업자 | 간이사업자 | O |
일반사업자 | 면세사업자 | X |
간이사업자 | 면세사업자 | X |

대리납부제도
포괄양수도는 양수자의 자금부담을 덜어준다는 점에서 좋은 제도이나 실무상으로는 포괄양수도개념이 다소 모호해 판단이 애매한 경우가 많다. 사업의 포괄양수도로 판단해 부가가치세를 납부하지 않았지만 추후에 요건이 충족되지 않는다고 판단되어 부가가치세 추징이나 가산세 같은 불이익이 발생할 수 있다.
이러한 경우 다른 제도를 통해 부가세 부담을 줄일 수 있는데 이를 대리납부제도라고 한다.
즉, 대리납부제도는 사업의 양수도 요건이 확실하지 않을 때나 양도자가 부가가치세를 납부하지 않는 경우에 대비해 부가가치세 공제를 확실하게 받기 위해 활용하는 제도이다.
부가가치세 개념상 사업양수도의 경우 양수자는 양도자에게 양도대금의 10% 를 포함하여 대가를 지급한 후 양도자가 받은 양도대금의 10%를 납부하여야 한다.
하지만, 대리납부제도의 경우 양수자가 사업을 인수할 때 양도대금만 양도자에게 지급한 후 양도자가 납부하여야 할 부가가치세를 양수자가 직접 납부한 후 해당 금액만큼 부가가치세 공제 받을 수 있다.
이 제도를 이용한다면 양수인은 포괄양수도 요건을 충족했는지 불안해하지 않아도 되며 부가가치세에 따른 자금부담문제도 해결할 수 있다.
위에서 살펴본 바와 같이 사업양수도 부가가치세 규정은 복잡하기 때문에 요건을 충족하지 못한채 포괄양수도 계약을 진행하면 부가세 추징 및 가산세 부과, 세무조사 같은 불이익이 발생할 수 있다.
또한, 부가가치세 외에 영업권 등의 문제 및 양식에 따라 포괄양수도계약서를 작성 등 검토해야할 사항들이 발생하게 된다. 따라서 사업양수도 이전에 전문가에게 검토 및 조언을 받아 진행할 것을 추천한다.
![]() ![]() | [필진 : 이성헌 대표세무사] - 대일 외국어고등학교 러시아어과 |